Amerika Birleşik Devletleri ve Avrupa ülkeleri ile Türkiye’de birçok örnekleri bulunan Farmasötik Bilimler Doktora Programı, eğitim dili İngizce olan 4 yıllık bir programdır. Program, ilaç endüstrisi ve eczacılığın her alanında ileri teknolojik bilimsel araştırma yöntemlerinin laboratuvarda kullanabilecek, ilgili alanda bağımsız araştırma yapabilecek ve sonuçta yeni bilimsel çıkarımlarda bulunabilecek, ilaç, kimya ve kozmetik endüstrisinde eczacılık bilim alanı ile örtüşen alanlarda kaliteli ve üretken hizmet verebilecek araştırmacılar yetiştirmeyi hedeflemektedir.
Farmasötik Bilimler Doktora Programı multidisipliner bir doktora programı olup, altında eczacılık alanında 6 farklı modül (Biyokimya, Farmasötik Kimya, Farmasötik Teknoloji, Farmasötik Toksikoloji, Farmakoloji ve Farmakognozi) içermektedir. Doktora öğrencileri, programa kayıt sonrası bu alt modüllerden birini seçerek, seçilen alanda 5 alan seçmeli ders (toplam 15 kredi) ve istedikleri 3 seçmeli dersi (toplam 9 kredi) alarak, doktora yeterlilik sınavına girmeye ve başarılı oldukları takdirde doktora tez çalışmalarını yapmaya başlarlar.